Den attraktive specialitet af Gargano er havhuler (Grotte Marine). En systematisk undersøgelse af disse karstformationer udføres i kort tid - kun siden midten af 50'erne. Det handler sig om de dybe tunneler, som kun er tilgængelige fra havet, med grotte-huse, som er op til 50 meter dybe og tilbyder en unik sammenspil af farver og former. De fleste havhuler findes i den kystnære del på ca. 30 km mellem centrene Vieste og Mattinata.
Turisterne kan tage en bådtur til havhuler for hele dagen, som er forbundet med svømning på den smukke stenstrand. Man kør under Elskeres bue, man ser Salt grotte, hvor der blev gemt smuglet salt, i Violers grotte bliver man fortryllet af det krystalklare vand, hvor man kan se forskellige arter af bløddyr, sølv fisk eller rødalger. Hvis du er heldig vil du se en moræne i hulen af samme navn, et dyr, der er ca. 3 meter lang og ligner sæler, som ofte ses i lavninger i hulen.
